1900-luvun alussa Helsingissä toimi useampi balettikoulu: Rafael Pengerin perustama Helsingin Tanssiopisto, Elo Kuosmasen balettikoulu ja Toivo Niskasen koulu. Samalla kun Suomalaisen oopperan (nykyisen Suomen Kansallisoopperan) yhteyteen perustettiin balettiryhmä vuonna 1922, käynnistyi talossa myös baletinopetus.
Kansallisoopperan balettikoulu oli aluksi maksullinen tanssikoulu, jossa kuka tahansa saattoi aloittaa balettiopinnot. Tytöt ja pojat harjoittelivat samassa ryhmässä, ja luokat saattoivat olla jopa 30-henkisiä.
1930-luvulla balettimestariksi ja koulun johtavaksi opettajaksi tuli Pietarin keisarillisessa baletissa opiskellut ja Mariinski-teatterin baletissa tanssinut Alexander Saxelin, joka toi kouluun venäläisen tradition kurinalaisuuden.
Kansalliseksi julkisrahoitteiseksi oppilaitokseksi
Vuonna 1942 Suomalainen ooppera otti virallisesti hallintaansa vaihtuvien tanssitaiteilijoiden ylläpitämän koulun. Alussa oppilasmaksut olivat korkeat, mikä käytännössä sulki ovet varattomilta lapsilta.
Tilanne korjaantui 1956, jolloin oopperan talous turvattiin säännöllisellä valtionavulla. Tuolloin oopperanjohtaja Alfons Almi teki koulusta maksuttoman, ammattiin johtavan oppilaitoksen. Opetus muutettiin systemaattiseksi, hakijoille asetettiin valintakoe ja lukukausimaksut poistettiin.
Balettikoulu muuttui Balettioppilaitokseksi siirryttyään vuonna 1998 osaksi Suomen virallista koulutusjärjestelmää.
Omat tilat käyttöön vuonna 2003
Tänä päivänä Suomen Kansallisoopperan balettioppilaitos tarjoaa klassisen baletin perusopetusta ja tanssijan ammattiin johtavaa toisen asteen koulutusta. Oppilaitos toimii edelleen läheisessä yhteistyössä Kansallisbaletin kanssa.
Uuden oopperatalon valmistuttua vuonna 1993 Töölönlahden rannalle koulun yläluokat harjoittelivat siellä, kun taas muut luokat harjoittelivat edelleenkin vanhan oopperatalon eli Aleksanterin teatterin lisäksi mm. Uudenmaankadulla, Salmisaaressa sekä Bulevardilla yliopiston kemian laitoksen tiloissa.
Vuodesta 2003 kevääseen 2022 Balettioppilaitos toimi omissa tiloissa Helsingin Hakaniemessä, jossa Elannon vanha leipätehdas oli kunnostettu Taiteen Taloksi kuva- ja tanssitaiteen käyttöön. Oppilaitoksella oli 4 tilavaa ja valoisaa harjoitussalia sekä ajanmukaiset opiskelu- ja pukuhuonetilat.
Helmikuussa 2022 valmistuivat Balettioppilaitokselle uudet tilat Oopperatalon K1-kerrokseen. Oppilaitoksen käyttöön tuli sinne 3 salia ja pukuhuoneet.
Rehtoreina oppilaitoksessa ovat toimineet mm.: Mirja-Liisa Herhi, Merja Snellman, Hannele Niiranen, Marko Kallio ja Satu Ristlakki.